Apesar da gravidade, o risco de infecção pela ameba Naegleria fowleri é considerado muito raro, mesmo em locais onde ela pode estar presente.
A recomendação da Agevisa é evitar que água suja entre pelo nariz, principalmente ao mergulhar em rios, lagos e açudes. Também é importante usar água tratada ou fervida para limpar o nariz e tomar cuidado com a água usada em casa em objetos que possam ter contato com a respiração.